Une coproculture standard comprend la recherche
- Salmonella spp,
- de Shigella spp.,
- de Campylobacter spp. et apparentés (les plus fréquents étant C. jejuni, C. coli, C. fetus, Arcobacter butzleri)
- et de Yersinia spp.( Yersinia spp. est recommandée chez l’enfant, l’adulte de moins de 20 ans et sur prescription explicite chez l’adulte.)
Une diarrhée banale (diarrhée hydrique sans déshydratation avec température < 39°C) de moins de 3 jours de l’adulte ne nécessite pas de prescrire une coproculture. Tous les épisodes diarrhéiques ne sont pas infectieux. Toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas bactériennes (parasites, levures, virus).
En cas de diarrhées survenant chez un patient hospitalisé depuis plus de 72 heures, seule la recherche de C. difficile toxinogène devrait être réalisée (sauf contexte épidémiologique particulier).
Selon les recommandations du HCSP, après une diarrhée à Shigella spp., à STEC ou au décours d’une fièvre typhoïde, la réintégration en collectivité des enfants nécessite l’obtention de 2 coprocultures négatives à 24h d’intervalle et 48h après l’arrêt des antibiotiques.
| Diarrhée aiguë supposée infectieuse : contexte clinique et épidémiologique | Prescription. Faire figurer les renseignements cliniques suivants : Age - Clinique - Traitement - Notion de voyage éventuel - Caractère collectif | |
| Copro | Recherche spécifique complémentaire | |
| Adulte ou enfant de plus de 2 ans et contexte par défaut | + | |
| Enfant de moins de 2 ans | + | E. coli entéro-pathogènes (EPEC) |
| Notion de voyage récent en «pays tropical» | + | Syndrome cholériforme : Vibrio cholerae+++ E. coli entérotoxinogènes (ETEC) Plesiomonas shigelloides Dans les autres cas en l’absence de traitement probabiliste et si la coproculture standard est négative : Aeromonas spp., Vibrio parahaemolyticus, E. coli entéroinvasifs (ECEI) |
| Au cours ou au décours d’un traitement antibiotique | + | Clostridium difficile toxinogène K. oxytoca en cas de colite hémorragique post-antibiotique |
| Suspicion de toxi-infection alimentaire collective (TIAC) | + | - TIAC d’incubation courte (1 à 4h) : Pas de coproculture. rechercher S. aureus et Bacillus cereus ou leurs toxines dans l’aliment et non dans les selles - TIAC d’incubation longue (12 à 72h) : rechercher Salmonella spp., Y. enterolitica, Campylobacter spp., Vibrio parahaemolyticus, V. cholerae, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Bacillus cereus, Aeromonas spp., Plesiomonas shigelloides - TIAC avec diarrhée sanglante : rechercher un E. coli producteur de Shiga-toxine (STEC) |
| Diarrhée d’abord liquide puis sanglante | + | En dehors de Shigella spp., rechercher systématiquement : E. coli O157, autres STEC et éventuellement K. oxytoca |
| Syndrome hémolytique et urémique | E. coli O157 et autres STEC+ détection de Shiga-toxine par PCR, directement à partir des selles et/ou des souches isolées | |
| Recherche de bactéries particu- lières (recherche d’un portage dans un contexte d’épidémie)**** | - | Salmonella spp. |
| Personnel de cuisine et de restauration
| - | Staphylococcus aureus Salmonella spp. |
Sources: Antibiolor, HSCP