Examen Cytobactériologique des Urines (ECBU)

Indications

Devant toute suspicion clinique d’infection urinaire (IU), à l’exception des cystites simples non récidivantes, c.à.d. sans facteurs de risque de complication et sans facteur de risque d’antibio-résistance.

Facteurs de risque de complication :

toute anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire quelle qu’elle soit (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent ...),
sexe masculin,
grossesse,
sujet âgé : patient âgé de plus de 65 ans avec ≥ 3 critères de fragilité (perte de poids involontaire, vitesse de marche lente, faible endurance, fatigue, activité physique réduite) ou patient de plus de 75 ans,
immunodépression grave (immuno-modulateurs, cirrhose, transplantation...),
insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30mL/min).

Le diabète, même insulino-requérant, n’est plus considéré comme facteur de risque de complication.

Facteurs de risque d’antibio-résistance

prise d’antibiotiques dans l’année, hospitalisation dans les 3 mois, résidence dans une structure de long séjour, présence d’une sonde à demeure, voyage récent en zone d’endémie ...

IU récidivante

une cystite est considérée arbitrairement comme récidivante s’il y a au moins 4 épisodes pendant une période de 12 mois consécutifs.

Infections urinaires graves

ce sont les pyélonéphrites aigues (PNA) et les IU masculines associées à :

un sepsis grave,
un choc septique,
une indication de drainage chirurgical ou interventionnel.

Ne pas faire d’ECBU de contrôle dans le suivi des IU masculines et des PNA si l’évolution clinique est satisfaisante.

Dans la cystite aigue simple, la Bandelette urinaire (BU) est le seul examen.

Interprétation de la BU

chez la femme symptomatique, l’absence simultanée de leucocytes et de nitrites a une bonne VPN (> 95%), en l’absence d’immunodépression grave (pouvant entrainer des résultats faux-négatifs). Une BU négative doit faire rechercher un autre diagnostic
chez l’homme, une BU positive pour les leucocytes et/ou les nitrites a une bonne VPP (> 90%). En revanche, une BU négative ne permet pas d’éliminer une IU.

En cas de colonisation urinaire

(bactériurie asymptomatiques), les seules situations ou il faut réaliser un ECBU sont :

avant une procédure urologique invasive
grossesse à partir du 4ème mois

Prélèvements

Chez un adulte non sondé

Le prélèvement doit être effectué de préférence sur les urines de la première miction du matin ou à défaut, à plus de 4 heures d’une miction précédente (pour permettre un temps de stase suffisant dans la vessie), en dehors des périodes de menstruation (sinon port de tampon) et avant tout traitement antibiotique si possible (sinon le signaler).

Déroulement du prélèvement

(fait en général par le patient lui-même) :

lavage de mains
toilette soigneuse au savon ou avec un antiseptique (lingette, compresse) :
- chez la femme : de la vulve, des grandes et des petites lèvres en les écartant, et du méat urétral
- chez l’homme : du prépuce et du méat urétral
rincer à l’eau stérile
recueil des urines du ‘’milieu du jet’’ : éliminer le premier jet d’urine (environ 20 mL d’urines) et recueillir les 20 à 30 mL suivants dans un flacon stérile sans en toucher le bord supérieur (pour la BU, le flacon doit être propre mais pas nécessairement stérile),
fermer hermétiquement le flacon,
inscrire sur le flacon : nom, prénom, ECBU et date du prélèvement.

Chez un nourrisson et le jeune enfant

lavage de mains du préleveur (parent ou personnel de santé), le prélèvement d’urine du ‘’milieu du jet’’ après désinfection soigneuse, de la vulve, du prépuce ou du gland reste la technique à privilégier chez les enfants qui ont une miction volontaire. En cas d’impossibilité, utiliser un collecteur d’urine, si possible posé au laboratoire : utiliser un collecteur stérile (poche adhésive) après désinfection soigneuse du périnée (savon ou antiseptique, rinçage à l’eau stérile) ; la poche doit être changée toutes les 30 minutes et enlevée dès l’émission des urines (risque de contamination avec 30 à 65 % de faux positifs),
transvaser les urines dans un flacon stérile dès le recueil,
puis idem que contexte habituel.

Chez un patient porteur d’une sonde urinaire : après lavage des mains (préleveur : personnel de santé), le recueil se fait par ponction (seringue + aiguille stérile), après désinfection (alcool iodé :1 minute), sur le site spécifique du dispositif de sonde (et jamais à partir du sac collecteur). Si changement de sonde : faire prélèvement sur nouvelle sonde.

ne pas déconnecter la sonde du sac pour prélever les urines,
l’analyse bactériologique des embouts de sonde urinaire n’a pas montré son intérêt et n’est pas recommandée.

Chez le patient incontinent

Le recueil se fait par sondage ‘’aller-retour’’ chez la femme et par collecteur pénien voire cathétérisme sus-pubien chez l’homme.

Interprétation

Leucocyturie

Colonisation urinaire : le diagnostic repose sur l’absence de signe clinique, la présence d’une bactériurie significative,sans exigence sur un seuil de leucocyturie, ni de bactériurie sauf chez la femme enceinte (10^5UFC/ml)
Infection urinaire : le diagnostic repose sur des signes cliniques évocateurs, l’existence d’une bactériurie et d’une leucocyturie considérées comme significatives.

En cas de discordance entre un tableau clinique évident d’IU et une bactériurie et/ou une leucocyturie inférieure au seuil, le tableau clinique prime.

A l’état physiologique : l’urine contient < 10^3 leucocytes/mL (et < 10^3 hématies/mL).

En cas d’infection urinaire, la leucocyturie est considérée comme significative si elle est ≥ 10^4 leucocytes/mL (± associée à une hématurie ≥ 10^4 hématies/mL).

Remarque : la présence de cellules vaginales traduit une contamination de l’urine ; leur présence doit faire interpréter avec prudence la leucocyturie et/ou l’hématurie qui peuvent alors avoir une d’origine génitale.

La leucocyturie peut cependant être absente au cours d’authentiques IU

quand l’ECBU est réalisé précocement (leucocyturie retardée de quelques heures),
chez les patients neutropéniques,
ou si les urines ne sont pas traitées rapidement (lyse possible des leucocytes).

Une leucocyturie même importante n’est pas spécifique d’IU: vulvo-vaginite, maladie inflammatoire dont le syndrome de Kawasaki, urétrite, posthite [inflammation du prépuce], tuberculose...).

Une leucocyturie isolée peut aussi traduire une IU ayant fait l’objet d’un ECBU après l’initiation d’une antibiothérapie (concept de l’infection «décapitée»).

Le seuil de bactériurie

est fonction de la forme clinique et de l’espèce bactérienne

Espèces bactériennes	Seuil de significative	Sexe
E. coli, S. saprophyticus	10^3 UFC/mL	Homme ou femme
Entérobactéries autres que E. coli, entérocoque, C. urealyticum, P. aeruginosa, S. aureus	10^3 UFC/mL Homme	Homme
	10^4 UFC/mL Femme	Femme

Références : Antibiolor.Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l’adulte. Recommandations SPLIF 2014.